Desde el punto de vista citoarquitectónico y funcional, la formación reticular esta organizada en tres columnas o zonas longitudinales:

1) Una columna mediana de núcleos reticulares que se extiende a través del bulbo, protuberancia y mesencéfalo. Se le conoce también como núcleos del rafe. Esta constituida por agregados neuronales de mediano tamaño, que se organizan en estrechas láminas bilaterales y verticales, que se entremezclan en un plano medio y ocupan también la zona paramediana inmediatamente adyacente.

Muchas de las neuronas de los núcleos de la columna del rafe muestran por métodos histoquímicos sintetizar y secretar serotonina y se cree que esta amina es su principal neurotransmisor sináptico. Sin embargo otras células pueden sintetizar también acetilcolina.

2) Una columna medial de núcleos reticulares, compuesta mayoritariamente por un fondo de neuronas de tamaño intermedio, pero posee en ciertas regiones las células más grandes presentes en todos estos núcleos. Se le conoce también como columna o zona reticular magnocelular.

Algunas de las neuronas de lo núcleos de la columna medial muestran por métodos histoquímicos secretar aminas, tales como las del núcleo cerúleo, que sintetiza noradrenalina, mientras que otras sintetizan también acetilcolina.

3) Una columna lateral de núcleos reticulares, formada casi exclusivamente por pequeñas neuronas muy dispersas, por lo que se le conoce también como columna o zona reticular parvocelular.

Las neuronas de los núcleos que integran las columnas central y medial, constituyen la región efectora principal, mientras que las neuronas de los núcleos de la columna lateral, constituyen la región afectora principal.