1. Se encuentran neuronas colinérgicas en algunos núcleos de la columna lateral de la formación reticular bulbar y protuberancial (núcleo pedunculopontino) relacionados con las zonas adyacentes a los núcleos motores o sensitivos de los pares craneales, y particularmente con aquellos núcleos reticulares que constituyen parte del sistema de activación reticular ascendente (SARA).
2. También se encuentran en las neuronas de la formación reticular mesencefálica (sustancia negra) y la unión bulbo-protuberancial (núcleos del rafe dorsal, cuneiforme y subcuneiforme).
3. El sistema reticular colinérgico participa en el control del movimiento y en el ciclo sueño-vigilia.

• Existen tres grupos de neuronas reticulares dopaminérgicas localizadas en el mesencéfalo (A8 – A9 y A10), los cuales están compuestos por láminas de células interconectadas.
• El grupo A8 es aceptado como parte de la formación reticular mesencéfalica y es conocido también como la parte externa de la sustancia negra, mientras que el A9 constituye la totalidad de la parte compacta de la sustancia negra. El grupo A10 constituye el núcleo parabraquial.
• Las proyecciones de de estos grupos nucleares dopaminérgicos siguen tres vías:
  
  a) Mesoestriada (Nigroestriada)
  Son las fibras que van de la formación reticular mesencefálica (porción compacta de la sustancia negra) al cuerpo estriado (caudado y putamen). La interrupción de de este sistema se acompaña de enfermedad de Parkinson.
  b) Mesolímbica
  Constituyen las fibras que van de la formación reticular mesencefálica (núcleos de la zona paramediana como el tegmental ventral) a los núcleos limbicos. La hiperactividad de este sistema se relaciona con alucinaciones esquizofrénicas.
  c) Mesocortical
  Son las fibras que van de la formación reticular mesencefálica (núcleos de la zona paramediana como el tegmental ventral) a la corteza prefrontal. Las lesiones en este sistema se acompañan de déficit cognitivos en la enfermedad de parkinson.

• Las neuronas noradrenérgicas de la formación reticular del tallo encefálico, se dividen en dos componentes principales:

a) El sistema de noradrenalina del núcleo cerúleo (grupo de células neuronales de catecolaminas A6)
b) El sistema de grupos de neuronas noradrenérgicas de la formación reticular bulbar y protuberancial (grupos A1 a A10)

• Los axones de estas neuronas se dirigen a la médula espinal, tallo encefálico, cerebelo, diencéfalo y telencéfalo.
• El sistema noradrenérgico ascendente participa en la modulación de la atención, el ciclo sueño-vigilia y el estado de ánimo.
• Las proyecciones noradrenérgicas al tallo encefálico, cerebelo, hipotálamo y medula espinal participan en la modulación de funciones autónomas simpáticas.

• Las neuronas serotoninérgicas comprenden nueve grupos celulares que se designan como B1 a B9.
• La mayor parte de las neuronas serotoninérgicas se encuentra dentro de los núcleos del rafe protuberancial y bulbar.
• Las neuronas serotoninérgicas del rafe protuberancial anterior se proyectan al cerebro anterior, mientras que las neuronas serotoninérgicas del rafe protuberancial caudal y medular se proyectan al bulbo, cerebelo y médula espinal.
• La inhibición de la síntesis de serotonina o la destrucción de sus neuronas en la formación reticular del rafe causan insomnio.
• La alteración del sistema reticular serotoninérgico del rafe se observa en ciertos transtornos psiquiátricos (depresión, obsesión-compulsión. agresividad y ansiedad)